Pada tahun 1998, Proton memperkenalkan generasi kedua Perdana bernadikan enjin 2.0L 6A12 DOHC V6.[3] Sistem gantungannya turut ditala semula oleh Lotus untuk pengendalian yang lebih baik. Pada tahun 2000, Perdana V6 diberikan gril baharu yang menyerupai gaya Alfa Romeo. Logo kedua Perdana mencontohi logo Kia Sephia. Terdapat juga versi mewah Proton Perdana V6 dengan tapak roda ditambah sebanyak 25 cm, dikenali sebagai Proton Perdana V6 Executive. Varian Executive ini dilakukan oleh Automotive Conversion Engineering (ACE), anak syarikat EON.[4][5] Dua varian Perdana V6 Limousine turut dikeluarkan oleh ACE dengan tambahan panjang masing-masing 66 cm dan 91 cm, serta dilengkapi lebih banyak ciri-ciri mewah daripada varian Executive.[4]